Segunda Planta (Sala VI, VII y VIII)

En esta planta se ofrece una visión de la contribución de los borjanos al culto divino, a través de una muestra de los ornamentos y jocalias que fueron adquiridos o donados a la colegiata. También se exponen obras de pintura y escultura procedentes de la Colegiata y de los conventos borjanos, así como documentos de su archivo y ejemplares de su importante biblioteca.
Sala VI: presidida por una bella imagen de San Miguel, en esta sala se exhiben otras imágenes, junto con un lienzo, dedicado a San Cristóbal, que reviste especial interés para los borjanos por haber pertenecido al virrey D. Antonio de Amar y Borbón, vinculado familiarmente a esta ciudad.
En una serie de vitrinas se muestran documentos del archivo de la Colegiata y algunas obras de su rica biblioteca.
Sala VII: dispone de una interesante colección de lienzos del siglo XVII dedicados a Santas Mártires. Incluye también selección de piezas de orfebrería, como por ejemplo una Cruz Parroquial, la llamada "Cruz del Inquisidor" por haber sido donada por el canónigo D. Juan Garcés y Miranda, comisario del Santo Oficio, una Cruz de Plata donada a la Virgen de Misericordia por Dª María de Aguilar y dos cálices priorales.
Sala VIII: esta sala trata de rendir un homenaje a las comunidades religiosas desaparecidas de Borja que, a través de sus conventos, contribuyeron a la formación religiosa de sus habitantes. La más antigua de todas fue la Orden de San Francisco que tuvo el primer convento fundado en la ciudad con fecha que no ha podido ser precisada, aunque sabemos que en 1320 se estaba edificando su iglesia. Los agustinos se establecieron en 1602 y veinte años después lo hicieron los capuchinos. La última orden que llego a Borja fue la de los dominicos que fundaron su convento de San Pedro Mártir en 1636.
A estos cuatro conventos hay que sumar los dos de religiosas de clausura que subsisten en la ciudad: El de Santa Clara, fundado en 1603, y el de la Concepción que, en 2002, ha conmemorado el 350 aniversario de su existencia.