Planta Baja (Vestíbulo, Sala I y II)

En el Vestíbulo, ubicado en lo que correspondería al zaguán de las construcciones aragonesas de la época, el visitante puede conocer, a modo de introducción, la historia del hospital Sancti Spiritus y la evolución arquitectónica de la antigua Colegiata de Santa María a través de una serie de paneles.
Como elementos destacables hay que señalar la ménsula del antiguo edificio románico y un magnífico relieve que apareció, recientemente, en unas obras efectuadas en la propia Colegiata. Se expone también, una maqueta parcial de la Colegiata donde puede apreciarse el pórtico y un tramo del adarve de la antigua Iglesia Fortaleza que ha sido realizada por Purificación Andía.

La Sala I se utiliza para exposiciones temporales. Con motivo de la inauguración del Museo, se instaló una pequeña muestra de la devoción a Nuestra Señora de la Peana, patrona de la ciudad, en la que exhiben recuerdos de las celebraciones del Primer Centenario de su culto, que tuvo lugar en 1.889, y de la conmemoración del Segundo Centenario en 1.989.

Incluye asimismo, diferentes representaciones iconográficas de la Virgen y un espacio dedicado al Cardenal D. Vicente Casanova y Marzol, Hijo Predilecto de Borja.

Sala II: "La Música en la Colegiata"
Dada la importancia que, como instrumento al servicio del culto, tuvo la Capilla de Música de la antigua Colegiata y la labor desarrollada por músicos y compositores que formaron parte de ella, se ha querido destinar un espacio específico a mostrar algunos testimonios relacionados con esta labor cultural que, con enorme esfuerzo, se ha mantenido hasta nuestros días.

Entre los fondos que pueden ser contemplados en esta sala, destaca una colección de Cantorales de distintas épocas, así como los dos bajones de los siglos XVIII y XIX localizados recientemente y que son unos instrumentos de gran interés dado el escaso número de piezas similares conservadas en España.